Η MENTORING ΑΕ έχει οργανωθεί σε 5 αυτοτελείς επιχειρησιακές μονάδες (business units) οι οποίες εξυπηρετούν τους στρατηγικούς της στόχους: Τμήμα Αναπτυξιακών έργων, Τμήμα Μελετητικών Υπηρεσιών και Τμήμα Συμβούλου Τεχνικής Υποστήριξης & Δημοσίων Συμβάσεων, τα οποία έχουν την ευθύνη παροχής των υπηρεσιών της εταιρείας, καθώς και τα Τμήματα Business Development και Οικονομικών & Διοικητικών Υπηρεσιών για την υποστήριξη της λειτουργίας και της ανάπτυξής της.
Η εταιρεία διαθέτει μονάδα διασφάλισης ποιότητας για τη διατήρηση υψηλού επιπέδου στις υπηρεσίες που παρέχει, καθώς και για τον εσωτερικό έλεγχο για την εποπτεία της λειτουργίας της και την εφαρμογή των αρχών της εταιρικής διακυβέρνησης (corporate governance).
